Ressources sur le VSI

À titre d’information seulement.

Nous croyons que ces ressources sont fiables et exactes, mais les renseignements qu’elles contiennent ne peuvent pas être interprétés comme étant un diagnostic.

Qu’est-ce qu’un variant de signification incertaine (VSI)?

Un VSI est un variant pour lequel les données sont insuffisantes pour déterminer s’il est bénin ou pathogène¹.

Pourquoi est-il important de comprendre les VSI?

Les tests de dépistage génétique sont devenus partie intégrante de l’évaluation diagnostique des personnes soupçonnées d’être atteintes d’immunodéficiences primaires. Les résultats obtenus aux tests de dépistage génétique peuvent avoir une incidence majeure sur les décisions relatives à la prise en charge clinique².

Cela étant dit, les VSI peuvent facilement donner lieu à une fausse interprétation par les professionnel(le)s de la santé et les familles
Les VSI diffèrent grandement quant aux probabilités qu’ils soient pathogènes
La classification d’un VSI peut changer au fil du temps
Faire passer un test de dépistage aux parents peut faciliter l’interprétation du résultat
Enfin, les VSI ne doivent pas être utilisés pour prendre une décision éclairée en matière de prise en charge clinique³

La D^reJolan Walter est chef de la division Allergie et immunologie pédiatriques au Johns Hopkins All Children’s Hospital et professeure à l’Université South Florida. Dans cette vidéo, elle décrit comment analyser des VSI obtenus à des tests de dépistage génétique et présente un exemple d’analyse de rapport.

Analyser un variant de signification incertaine (VSI)

Apprenez-en plus au sujet de la présence d’un VSI dans un gène PIK3CD ou PIK3R1

Pour connaître d’autres ressources pouvant vous aider à interpréter un VSI, veuillez communiquer avec le service de l’information médicale de Pharming à l’adresse pharmingcanadamc@eversana.com

Ressources additionnelles pour évaluer la pathogénicité

Références

Plusieurs documents fournissent des renseignements éducatifs et des directives pour interpréter un VSI. Certains d’entre eux montrent également des exemples.

Chinn IK, et al. Diagnostic interpretation of genetic studies in patients with primary immunodeficiency diseases: A working group report of the Primary Immunodeficiency Diseases Committee of the American Academy of Allergy, Asthma & Immunology. J Allergy Clin Immunol. 2020;145(1):46–69.

Passe en revue les données supplémentaires pour établir une liste des critères d’évaluation à tenir compte lors de l’interprétation d’un VSI
Cet article comprend également une liste de bases de données et de ressources utiles pour obtenir de l’information probante

Sullivan KE. The scary world of variants of uncertain significance (VUS): A hitchhiker’s guide to interpretation. J Allergy Clin Immunol. 2021;147(2):492–494.

Cet article présente plusieurs méthodologies simplifiées pour interpréter un VSI associé à une maladie à transmission autosomique dominante ou à transmission autosomique récessive, en utilisant un déficit immunitaire combiné (DIC) sévère comme exemple

Thauland TJ, et al. Case Study: Mechanism for Increased Follicular Helper T Cell Development in Activated PI3K Delta Syndrome. Front Immunol. 2019;10:753.

Étude de cas sur le SPDA, dans laquelle les auteurs déterminent la pathogénicité d’un VSI du gène PIK3CD

Bases de données et gestionnaires de listes

Des renseignements sur les VSI et des liens avec des experts peuvent vous aider à interpréter un VSI.

ClinVar : Banque d’archives financée par les National Institutes of Health (NIH) portant sur la variation génomique et sa relation avec la santé humaine. Cette base de données est enrichie par des soumissions de chercheurs(-euses), des laboratoires de dépistage, des groupes d’experts et autres. ClinVar standardise ensuite les descriptions des variants, des maladies et des conditions relatives à l’importance clinique⁴.

ClinGen : Ressource centrale financée par les NIH qui définit la pertinence clinique des gènes et des variants. Plutôt que de se fier aux soumissions, ClinGen a recours à un groupe d’expert(e)s pour recueillir des renseignements sur les gènes et les variants, dans le but d’améliorer les soins aux patient(e)s⁵.

ClinGen est en train d’ajouter les variants associés au SPDA dans ses bases de données⁶.

Veuillez consulter le site pour obtenir l’information la plus récente sur les variants observés dans les gènes PIK3CD et PIK3R1.

VUSserve : Gestionnaire de listes exploité par la CIS qui contient des renseignements sur les VSI présents dans les gènes pertinents sur le plan immunologique. Il facilite la communication entre les professionnel(le)s de la santé ayant décelé un VSI et des expert(e)s qui pourraient être en mesure de les aider à déterminer si le variant est bénin ou pathogène⁷.

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Références :

Richards S, et al. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: A joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015;17(5):405–424.
Chinn IK, et al. Diagnostic interpretation of genetic studies in patients with primary immunodeficiency diseases: A working group report of the Primary Immunodeficiency Diseases Committee of the American Academy of Allergy, Asthma & Immunology. J Allergy Clin Immunol. 2020;145(1):46–69.
Joynt ACM, et al. Understanding genetic variants of uncertain significance. Paediatr Child Health. 2021;27(1):10–11.
National Center for Biotechnology Information (NCBI). ClinVar website. Disponible au : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/. Consulté le 7 mars 2024.
Site Web de ClinGen. Disponible au : https://clinicalgenome.org/. Consulté le 7 mars 2024.
Site Web de ClinGen. Clinical Domain Working Groups: Antibody deficiencies variant curation expert panel. Disponible au : https://clinicalgenome.org/affiliation/50095/. Consulté le 7 mars 2024.
Clinical Immunology Society. Site Web Listserv. Disponible au : https://clinimmsoc.org/CIS/News/Listserv.htm. Consulté le 7 mars 2024.